人间界不过数年又发生战乱，惊动了仙界，天帝察觉到魔帝阴谋，但因妖魔界并未大举进入人间，仙界也无法公然派遣仙神帮助黄帝作战。于是天帝传仙箓予黄帝，指示黄帝寻找人间奇人异士。黄帝依仙箓指引，在大荒西方的流沙国中寻到智者风后，又在凶犁之丘以三拜之礼请到将才应龙。得风后与应龙之助，黄帝重整军势，再和蚩尤作战。

　　风后采大荒极北出产黑色磁石，以之制成名为“指南车”的器具，指南车无论在任何地点，车头玄旗小人始终指向北方，黄帝军队使用指南车，在大雾中也能辨别方向，破去了八部妖魔众的邪术。风后又以牛羊之角为号进行吹奏，其声如同龙吟一般，送入众人耳中，令人精神振奋，魑魅魍魉邪音再无法奏效，五方妖魔众也被击退。同时，应龙也指挥军队，成功击退荒火教部众，蚩尤军节节败退。

　　不利军势令蚩尤大怒，心中魔性再度加强，而他的“魔识”也因此苏醒，原来蚩尤本身便是随混沌一起成形的上古妖魔，只不知什么原因流落到人间，转世为人。魔帝不知何故洞悉了这个秘密，于是诱使蚩尤堕入魔道，重新成为妖魔之身，在人间掀起大乱。魔识苏醒的蚩尤现出自己妖魔真身——巨大化的牛首人身怪，吞云吐雾，飞沙走石，并将跟随自己的荒火教部众全数妖魔化，大举屠戮黄帝军队，黄帝再次惨败。

　　上古妖魔出现在人间界令仙界无比震惊，天帝派遣九天玄女下凡，赠予神兵昆吾剑，并传授黄帝克制蚩尤之术。黄帝手下大将应龙学得九天玄女传授之玄天阵法，挑选精锐黄帝军士，组建名为天机营的部队。营内军士均修习玄天阵法，以克制妖魔化的荒火教教众。黄帝又依九天玄女之言，斩杀东海流波山的夔牛和南方雷泽中的雷兽，以夔牛皮革制成八十一面大鼓，雷兽巨骨制成鼓槌，再度挑战蚩尤，双方在涿鹿展开决战。

　　黄帝军队敲起夔鼓，荒火教妖魔听到如同雷鸣一般的声音，骨酥筋软，无法发挥全力战斗，而天机营军士使用的玄天阵法，在互相配合支援下能成倍增加战力，此消彼长，蚩尤手下的妖魔部众无法抵挡，四散溃逃。同时在九天之上，应龙和蚩尤都现出自己真身，本为天界神龙转世的应龙化身为九翼神龙，双手同持轩辕剑和昆吾剑，和牛首人身的上古妖魔苦战三日三夜，终于借助两大神兵之威，斩杀蚩尤。黄帝与蚩尤之战，本是人间界的争斗，但因蚩尤妖魔之身，实则是仙界与妖魔界借人间势力之战，因此又被称为第二次神魔之战。

　　涿鹿一战，死伤无数，血流成河，天为之悲，降大雨三日不止。蚩尤身躯虽灭，一腔怨气却直冲天地之间，动摇锁妖塔根基，震开太古铜门黄土封印，整个天地为之动荡，其灵魂则连仙界也无法湮灭，只得将其**在锁妖塔底。蚩尤的灵魂在锁妖塔底每日诅咒天地，等待复仇的时机。

　　第二次神魔之战后，九黎苗众再不与中原往来相通，荒火教更是和天机营结下了不解的夙仇。不久黄帝应劫飞升而去，继任帝君治国无方，天下再陷动乱之局，各部族势力纷起，纷争不休，皆想成为大荒人间界统治者。妖魔界魔帝和众妖，则试图冲破万魔渊和太古铜门，再度前往人间。