神魔之战后，天帝合众神之力，重新关闭太古铜门，并在其上加注十三道黄土封印，以增厚地气，加强“天元地极锁”功效。此外，天帝更派土神后土永世坐守太古铜门，防止妖魔的再度侵入。同时，天帝在九天之上用巨大法力建起天宫，为诸仙神居所，作为人间界大荒的庇护者和统治者，仙界正式形成。

　　神魔之战也给大荒之地带来了巨大的影响。人类了解到自己身体内原来蕴涵有惊人的潜力，于是一些人开始进行修行，试图象伏羲一样，飞升成仙。道术仙法的修行激发出他们体内的天地元气之力，让他们拥有如同仙神般飞天遁地，负海担山的能力。另一方面，妖魔也打开了人心中邪恶的匣子，种种以前不曾有过的劣根性都显露了出来。权谋，诡计，奸诈，自私，邪恶的心性让许多修行之人走火入魔，堕入魔道成了妖魔，也让大荒之上充满了争斗和杀戮，原来的乐土不复存在。妖魔退去之后不足百年，人间界立刻爆发大乱。

　　神农部族炎帝姜榆罔，天生火灵之身，拥有随心所欲控制火焰和热量的能力；有熊部族黄帝姬轩辕，是剑仙广成子的门人，曾跟广成子一起畅游天下，学道练剑，实力非凡。两人皆具雄才大略，有一统大荒的雄心，在逐渐吞并周围的小部落，扩大势力之后，神农部族和有熊部族终于不可避免地开始正面冲突。两族实力相当，互相攻伐多次，都没有结果，于是两人不约而同向仙界众神求助。适逢天帝为了苦思对付妖魔之策，闭关未理政事，素来不服天帝的火神祝融竟然违犯天帝不准参与凡间争斗的禁令，将自己的离火神兵借给了炎帝。而因共工之败，对祝融早有不满的雷神雨师也借此机会，采首山之铜，为黄帝铸就了天下第一神兵——轩辕剑，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策，乃是一统天下之用的王道之剑。

　　得到神兵的两人率领军队，在阪泉展开决战。炎黄二帝在九天之上，以神兵进行惊天动地的对决，最终王道之剑胜过了五金之精，离火神兵断为两截，散于人间，消失无踪。而炎帝军则大败，被黄帝赶到南方偏远的九黎之地，苟延残喘，姬轩辕成为了人间界中原大荒的统治者。

　　炎黄之战虽以黄帝之胜宣告结束，但带来的祸害却远未有人能够预料。离火神兵与轩辕剑的对决，带来巨大能量冲击，不仅对人间界造成巨大损害，毁灭了地上无数人的家园，而且在西蜀之地，巴山之上劈开一个巨大裂口。被称为“万魔渊”的裂口因天地元气异变而成为连接妖魔界的通路。借由此处，妖魔不需要通过太古铜门就可以来往于人间妖魔两界，一时间，妖魔又大有蠢蠢欲动之势。黄帝之师广成子见万魔渊魔气冲天，不忍人间生灵涂炭，于是舍全身法力，将自己肉身和佩剑化为锁妖塔，沉入万魔渊中，封住了裂口。更命自己弟子后人在巴山上建起名为弈剑听雨阁的剑派，永远镇守万魔渊。

　　万魔渊虽被广成子以牺牲自己的方式所封印，但因充斥其间的天地元气太过杂乱，仙界已无法将其修补。修炼出关的天帝对此结果大为震怒，将祝融打下人间界，经七世轮回，才可重回仙界，并下令关闭人间界与仙界的通路，严禁众仙神与人随意进行接触，从此人神完全隔绝。然而世间的**还并未走到终结之地。

　　迁居九黎的炎帝部族，逐渐和当地苗民融合，繁衍发展，并衍生出以火为尊的荒火教。荒火教起初只是作为一种信仰在苗民之间传播。但在蚩尤的带领调教之下，修习武技术法，招揽高人异士，逐渐成为拥有强大力量的组织。蚩尤本是炎帝后裔，传说天生神力，武技高超，有万夫莫敌之能，他一直对炎帝之败耿耿于怀，认为黄帝胜得并非光明正大，神农部族应积蓄力量，再图中原。但炎帝已失去逐鹿大荒的雄心，并认为黄帝是天选中之人，不愿再兴起刀兵，给人间带来动荡。

　　蚩尤屡次进言都被炎帝所拒，心生怨咎，怨气直冲到妖魔界，被魔帝所察觉。魔帝利用蚩尤心中怨咎，允诺给予蚩尤打倒黄帝的力量，诱使蚩尤堕入了魔道。魔化的蚩尤心中只有打倒黄帝，夺取大荒的执念，不顾一切，放逐炎帝，取得神农部族的统治权，率领荒火教众和神农部族军队，发动了对黄帝的战争。

　　黄帝救下被蚩尤放逐的炎帝，并和炎帝一起迎战蚩尤。但蚩尤军队不仅由剽悍善战的苗民组成，更有妖魔的存在，虽然万魔渊被封，法力高强的妖魔无法通过，但低级妖魔反倒可以来到人间，魔帝派遣五方八部妖魔众加入蚩尤的军队，帮助蚩尤作战。八部妖魔众使用邪法做起漫天大雾，黄帝军队目不能视物，在雾中方向难辩，战斗异常艰辛。五方妖魔众中的魑魅魍魉也是黄帝军队首次得见，魑魅人面兽身，有四足，会发出怪音，闻者浑身发软，无法动弹。魍魉黑里透红，样子像个小娃娃，也会发出怪音，闻者心智丧失，为魍魉所操纵。黄帝军队无法抵敌，大败而逃。